소프트웨어 개발용역은 정보통신업으로 분류되어 창업중소기업 세액감면과 중소기업 특별세액감면을 모두 받을 수 있습니다. 해외 클라이언트 용역은 부가가치세법상 용역의 국외공급으로 영세율 적용이 가능합니다.
프리랜서 개발자는 다른 업종과 달리 세액감면을 가장 많이 받을 수 있는 쪽에 속합니다. 첫째 소프트웨어 개발용역은 정보통신업으로 분류되어 창업중소기업 세액감면과 중소기업 특별세액감면 대상에 모두 포함되는 업종입니다(같은 과세연도에는 둘 중 하나만 선택). 둘째 해외 클라이언트에게 공급하는 용역은 영세율 대상이 될 수 있습니다. 셋째 사업소득 3.3% 프리랜서 계약과 사업자등록 중 어느 쪽으로 활동할지가 실무상 가장 먼저 갈리는 선택입니다.
개업 전 인허가와 사업자등록
소프트웨어 개발ㆍ공급 용역 자체는 별도 인허가가 필요한 업종이 아니라 사업자등록만 하면 영업할 수 있습니다. 업종코드는 정보통신업 계열의 소프트웨어 개발 및 공급업으로 등록하는 것이 일반적이며, 정확한 세부 코드는 홈택스 업종코드 조회로 확인해야 합니다. 에이전시를 통해 일하더라도 실질이 독립적인 용역 제공이라면 별도 사업자등록 대상이고, 거래처가 여러 곳으로 늘어나는 시점부터는 프리랜서 계약과 사업자 간 거래가 혼재되므로 계약서마다 정산 방식을 구분해 기록해 두는 것이 좋습니다.

과세유형: 면세인가, 간이과세가 되는가
소프트웨어 개발용역은 부가가치세법상 면세 항목에 해당하지 않아 국내 공급분은 과세 대상입니다. 직전 연도 공급대가가 1억400만원에 미달하면 간이과세자로 등록할 수 있고(부가가치세법 제61조, 시행령 제109조제1항), 시행령 제109조제2항제14호의 간이과세 배제 대상인 전문ㆍ과학ㆍ기술서비스업에는 소프트웨어 개발업이 포함되지 않아 정보통신업으로 분류되는 한 간이과세를 선택할 수 있습니다. 해외 고객에게 공급하는 용역은 부가가치세법 제22조에 따라 용역의 국외공급으로 보아 영세율을 적용받을 수 있으며, 계약서ㆍ외화입금증명서 등으로 공급 사실을 증명해야 합니다.
현금영수증과 매출 관리
소득세법 시행령 별표 3의3의 사업서비스업 항목은 변호사업ㆍ공인회계사업 등 전문자격사 중심으로 열거되어 있고, 소프트웨어 개발용역은 이 목록에 포함되어 있지 않습니다. 따라서 현금영수증 의무발행업종에 해당하지 않으며, 거래 대부분이 세금계산서나 계좌이체로 이루어지는 B2B 구조라 현금영수증 쟁점 자체가 크지 않습니다.

창업감면과 받을 수 있는 공제
조세특례제한법 제6조제3항제8호는 정보통신업을 창업중소기업 세액감면 대상으로 명시하면서 비디오물 감상실 운영업, 뉴스제공업, 가상자산 매매ㆍ중개업만 제외하고 있어 소프트웨어 개발업은 감면 대상에 그대로 포함됩니다. 또한 조세특례제한법 제7조제1항제1호하목은 컴퓨터프로그래밍, 시스템 통합 및 관리업을 중소기업 특별세액감면 대상으로 별도 열거하고 있어, 창업감면 기간이 끝난 뒤에도 매년 세액감면을 이어받을 수 있습니다.
3.3% 사업소득과 사업자등록 사이의 선택
발주사로부터 사업소득 3.3%를 원천징수당하는 프리랜서 계약으로 일한다면 별도 사업자등록 없이 종합소득세 신고로 끝나는 경우가 많습니다. 반면 직접 세금계산서를 발행하고 매입세액을 공제받고 싶다면 사업자등록을 하는 것이 유리할 수 있는데, 이 경우 간이과세와 일반과세 중 매출 규모에 맞는 쪽을 선택해야 합니다. 플랫폼·에이전시 수수료나 해외 결제 수수료를 뗀 금액만 입금되더라도 매출은 수수료 차감 전 총액으로 잡고 수수료는 별도 비용으로 처리하므로, 세금계산서나 수수료 내역서를 따로 받아두어야 비용으로 인정받을 수 있습니다. 직전 연도 수입금액이 1억5천만원에 미달하면 복식부기 대신 간편장부로 기록할 수 있고(소득세법 시행령 제208조제5항나목), 3천600만원에 미달하면 단순경비율 적용대상으로 남습니다(같은 영 제143조제4항나목).

근거 법령
- 부가가치세법 제61조, 시행령 제109조제1항, 제2항제14호: 간이과세 기준 1억400만원, 소프트웨어 개발업은 배제 대상 아님
- 부가가치세법 제22조: 용역의 국외공급 영세율
- 조세특례제한법 제6조제3항제8호: 정보통신업 창업중소기업 세액감면
- 조세특례제한법 제7조제1항제1호하목: 컴퓨터프로그래밍ㆍ시스템통합관리업 중소기업 특별세액감면
- 소득세법 시행령 제208조제5항나목: 정보통신업 복식부기 기준 1억5천만원
- 소득세법 시행령 제143조제4항나목: 정보통신업 단순경비율 기준 3천600만원
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